Trzynawowy obiekt został wybudowany w połowie XVIII w. na miejscu wcześniej tam istniejącej synagogi przez gminę żydowską z Nowej Dębicy. Podczas II wojny światowej hitlerowcy spalili wnętrze synagogi. Po wojnie w synagodze mieściły się magazyny zboża PZGS. W 1954 roku decyzją Miejskiej Rady Narodowej w Dębicy budynek synagogi gruntownie wyremontowano i przeznaczono na obiekt handlowy, który znajduje się tam do dnia dzisiejszego.
Podczas remontu użyto materiału rozbiórkowego z synagogi staromiejskiej, białą farbą zamalowano cenne polichromie i usunięto liczne rzeźby, co spowodowało liczne protesty lokalnych kongregacji i społeczeństw żydowskich, które już wcześniej nie zgadzały się na remont budynku. W 1994 roku Rada Miejska podjęła uchwałę na mocy której bożnica miała zostać przeznaczona na muzeum, w którym miała znaleźć się m.in. ekspozycja poświęcona dębickim Żydom, którzy w przedwojennej Dębicy stanowili 20 procent społeczności, a których większość zginęła w obozie koncentracyjnym w Bełżcu. Z myślą o takim jego przeznaczeniu wyremontowano na koszt miasta bożnicę. Rok później, w 1995 roku na mocy ustawy z 1997 roku o restytucji mienia żydowskiego synagogę odzyskała Gmina Wyznaniowa Żydowska w Krakowie. Za zgodą gminy wyznaniowej w w budynku dawnej synagogi nadal i tak jest do dnia dzisiejszego była prowadzona działalność handlowa.
Pod kątem architektonicznym budynek stworzony w stylu późnobarokowym jest wybudowany na planie prostokąta. W okresie, kiedy obiekt był wykorzystywany do celów religijnych we wschodniej jego części znajdowała się sala modlitw, natomiast w części zachodniej znajdował się obszerny przedsionek, nad którym znajdował się babiniec. Główna sala modlitewna była trójnawowa i miała wymiary 16 na 30 metrów. Obecnie dawną salę modlitewną dzielą cztery, wieloboczne filary tworząc dziewięć pól, na których do niedawna działały stoiska handlowe. Dla handlu budynek dawnej synagogi zamknięty został pod koniec 2017 roku. Trwają starania o wpisanie budynku na listę zabytków przez wojewódzkiego konserwatora zabytków.
